​​​​​I den seneste version af Java, 7u51, har Oracle indført en ekstra sikkerhedsmekanisme. Sikkerhedsmekanismen har indflydelse på brugeroplevelsen men ikke funktionaliteten af NemID.
Sikkerhedsmekanismen medfører, at der vises en meddelelse, som brugeren skal acceptere for hvert nyt NemID site, der besøges. Med tidligere Java-versioner (f.eks. 7u45) skal denne accept kun gives én gang*, nemlig første gang NemID anvendes efter at have installeret en Java- eller NemID-opdatering.

* I tilfælde hvor ’Do not show this again for apps from the publisher and location above’ vælges.